El Compacto estipulaba que debería de contarse con una figura independiente denominada Agente Fiscal para que proporcionase el servicio contable y manejo de los recursos, así como la designación de un Banco para el manejo de cuentas y pagos.

La responsabilidad del Agente Fiscal fue licitada a nivel Internacional y recayó en The Louis Berger Group (LBG) el Banco designado para el manejo de los recursos fue licitado nacionalmente seleccionándose al Banco de la Producción (BANPRO).

El 6 de Junio del 2006 CRM-N suscribió con la firma internacional LBG el acuerdo del Agente Fiscal que se conforma con un Gerente, un Especialista de Auditoría Senior, un Especialista en Tecnología y Sistemas y el Equipo de Contabilidad y Asistentes.

La CRM-N con el apoyo del Agente Fiscal definieron los documentos rectores necesarios, las bases contables, los sistemas de presupuesto y seguimiento, los procedimientos de gestión de pagos y planillas, que contenidos en el Fiscal Accountability Plan (FAP) fueron aprobados por MCC y sirvieron de base para los procedimientos que actualmente utilizan otros Programas de MCC en el mundo.

Durante la implementación se han desarrollado 14 solicitudes de fondos a MCC que ha llevado al desarrollo de sistemas de planificación tanto operativa como financiera. Estos pedidos en un inicio se hicieron de manera trimestral y al final de manera semestral.

LBG, a cargo de las operaciones de Agente Fiscal y de Adquisiciones, desarrolló un sistema en red e internet denominado FAPA (Financial Administration and Procurement Administration), el cual sirvió de base para el manejo contable y de registros de pagos.
Los proyectos más cercanos y manejado directamente fueron el de Infraestructura Vial y el de Negocios Rurales, para los cuales se desarrolló toda la estructura de apoyo administrativo financiero.

Para el manejo de las operaciones de campo se establecieron oficinas regionales en Somotillo, El Sauce y Chinandega, como centros de operaciones de cara a beneficiarios/as y de apoyo a las labores de campo tanto para el personal de la CRM-N como para los operadores, siendo estas oficinas coordinadas por  Comunicadores Rurales dependiendo directamente del Proyecto de Negocios Rurales.

Como apoyo al Proyecto de Propiedad se llegó a financiar un equipo de personal técnico y de campo de más de 200 personas, las cuales estaban adscritas a las instituciones implementadoras, desarrollándose las normativas necesarias tanto para el manejo de los recursos financieros como los humanos.
La Dirección de Adquisiciones ha manejado los procesos para la contratación de la auditoría externa con licitaciones internacionales, recayendo la responsabilidad inicial a la firma KPMG, Peat Marwick & Mitchell.

KPMG llevó el seguimiento de la auditoría desde el inicio de la ejecución del Programa hasta el mes de junio de 2009. Posteriormente la auditoría fue cambiada a la firma Grant Thornton quien se espera lleve la auditoría final del Programa.
En octubre 2009 se inició la preparación del Plan de Cierre del Compacto (PCP) de acuerdo a guías preestablecidas por MCC, estableciendo los planes por Proyecto y Direcciones a fin de lograr un cierre ordenado de todas las operaciones del Programa. El PCP fue aprobado por la Junta Directiva de la CRM-N el 15 de noviembre de 2010 y el 10 de enero de 2011 por parte de MCC.

El 14 de febrero del 2011, la Junta Directiva de la CRM-N autorizó la distribución y entrega de bienes de la CRM-N a 50 organizaciones e instituciones ligadas al que hacer del Programa conforme lo establecido en el Procedimiento aprobado previamente.
En el último semestre de ejecución del Programa, la Dirección de Administración y Finanzas en conjunto con los demás Directores y Responsables de Áreas garantizó que todo el seguimiento del cierre de las operaciones fuera de acuerdo a los procedimientos aprobados, lo anterior, tomando en cuenta lo establecido en la Guía de Cierre de Compacto.